Nucleo originario dell'Acquasanta romana, qui sorgevano delle terme: il borgo conserva e nasconde ancora i resti delle cisterne e di altre opere idrauliche che servivano le piscine. Grazie all'importanza e alla salubrità delle acque, è citata anche nella tavola peutingeriana come villa "de Aquis" o di "Plebis Vallis Aquis". Durante l'epoca barbarica le terme vennero distrutte e solo successivamente ricostruite nella vicina Acquasanta.
Nel 1200 negli archivi del comune di Ascoli viene nominata come "Santa Marie de Aquis", e nel XIV secolo entra con altri castelli limitrofi nello stato Ascolano. Come i paesi del circondario, vive le devastazioni del brigantaggio, cominciato nel 1500 e proseguito nel periodo napoleonico ed unitario. Nel 1834 viene costituito il comune di Santa Maria del Tronto, che ebbe storia breve, visto che già a seguito della riorganizzazione post-unitaria viene accorpato ad Acquasanta, nel 1866. Durante la ribellione postunitaria da parte dei nazionalisti pontifici, al contrario delle frazioni del suo comune dove ardeva forte la ribellione, Santa Maria rimane fedele alla causa italiana offrendo supporto e rifornimento alle truppe piemontesi.
Diviso in due dal tracciato della Salaria, la parte a valle più pianeggiante si caratterizza dalla presenza della chiesa del Santissimo Crocefisso preceduto da un grande ed antico edificio sorto sopra le terme romane. Da li la stradina prosegue costeggiando la zona pianeggiante che termina nel profondo solco scavato dal Tronto, dove sorge la parte di recente costruzione della frazione. La parte alta consiste in due sole file di case costruite lungo la strada che si staccava dalla strada consolare per raggiungere la vicina Paggese. Stretta tra la Salaria ed il colle boscoso che sovrasta l'abitato, qui si affacciavano le botteghe ed i servizi per i viandanti; all'interno di un passaggio coperto da volte ancora si vede un'architrave con il simbolo di un incudine, probabile bottega di un fabbro. I fabbricati in travertino con i portali e le scalinate esterne, finemente lavorati dagli scalpellini locali, sono estremamente suggestivi. Più avanti la strada comincia a salire verso la parte alta, divenendo presto una scalinata. Arrivando in cima è possibile godere di una panoramica del paese e della ripida valle del Tronto. Il borgo termina con un grande casone circondato dalla strada asfalta che prosegue verso Paggese ed altre frazioni del territorio acquasantano.