Sorto nei pressi della strada consolare Salaria, era il primo grande centro dell'acquasantano che si incontrava partendo da Ascoli.
Tra le notizie più antiche sappiamo che nei pressi esisteva già nel X secolo la chiesa di San Quirico, uno dei primi insediamenti farfensi nell'area, riconfermato ai monaci dagli imperatori germanici anche all'inizio del secolo successivo. Nel monte sopra il paese svettava un tempo il castello di Gottare, il capoluogo dell'area dove andò a sorgere Arli che, passato dai farfensi al comprensorio dei castelli ascolani, era a capo di un proprio sindacato che gravitava intorno a quello di Luco e Acquasanta. Agli inizi del XVI secolo Arli ne faceva ancora parte ma verso la metà del secolo il territorio sarà annesso al limitrofo sindacato di Acquasanta, nel 1518 subirà le razzie dei soldati ascolani a causa delle tasse non pagate al capoluogo. Sul finire del secolo la grande carestia che imperversava nell'acquasantano, oltre a fomentare il brigantaggio, fece sì che un tale Giovanni Piersanti si arricchisse prestando soldi ai bisognosi e incamerando un grande patrimonio terriero dai debitori impossibilitati a pagare. Nel 1592 Giovanni Francesco Aldobrandini, capitano pontificio, arriva in queste terre con il suo seguito di famigerati soldati corsi che lasceranno una traccia nella storia della zona, punto strategico lungo la Salaria, con il presidio che i militari avevano insediato lungo il vicino ponte.
Nel 1808 l'occupazione francese genera focolai di rivolta in tutto l'acquasantano e anche questa frazione fornirà braccia alle schiere degli insorti, di conseguenza i napoleonici inviarono il generale Julien che, dopo aver spezzato l'assedio di Ascoli da parte dei rivoltosi, si reca verso Acquasanta. Arli è il primo paese che l'esercito francese assalterà prima di occupare il capoluogo ma ciò nonostante il borgo continuerà a proteggere i briganti: si legge del parroco don Luigi Bellini che testimoniò il falso pur di salvare la vita a due paesani e dai resoconti dei militari sappiamo che venne arrestato il segretario della Guardia Nazionale che faceva da spia per i ribelli. Di Arli era il bandito Piero Piersanti che agiva sempre in quegli anni. Insolita è la presenza nel 1811 di otto agenti segreti del Regno di Napoli, provenienti da Teramo, che si infiltrarono tra le bande ribelli del paese e portarono all'arresto di alcuni briganti che agivano anche oltre il confine. Sempre sotto l'occupazione francese il passo di Arli sarà militarizzato.
Tornata la stabilità a seguito della restaurazione pontificia, nel 1834 farà parte del comune di Santa Maria del Tronto.
Nell'inverno del 1860 riesplose la ribellione questa volta contro i piemontesi e l'Unità, durante la quale Arli si dimostrerà come sempre protettrice dei riottosi fino alla repressione del Generale Pinelli che passò anche per il borgo. Passata la parentesi del brigantaggio sarà uno dei paesi più zelanti a fornire volontari per la Guardia Nazionale contro gli ultimi ribelli che fino al 1864 continueranno a dare battaglia protetti dalle montagne. La forte rivalità con Acquasantà farà sì che il reparto della Guardia Nazionale di Arli per i soprusi commessi contro quella del capolugo, venisse posto a riposo ed in sostituzione fu messo a servizio un reparto proveniente da Pistoia.
Finite le guerre postunitarie nel 1867 diventa parte del nuovo comune di Acquasanta, risultato della fusione dei sindacati della montagna, finisce così il breve operato del municipio di Santa Maria a Tronto.
Con l'arrivo del XX secolo arriveranno l'elettricità e le scuole nel paese favorito nelle comunicazioni dalla posizione sulla strada divenuta statale che, grazie ai rimaneggiamenti moderni, ora attraversa una galleria proprio vicino all'insediamento, a malapena visibile dalla vegetazione.
Nella parte bassa dell'incasato, in un'area pianeggiante si trova la chiesa della Santissima Annunziata, da qui si risale verso le prime abitazioni tra le quali si nota una villa con i resti dei suoi giardini. La strada che costeggia l'edificio, passando sotto un arco, prosegue nella parte antica del paese, dove le case si stringono l'una a l'altra e si possono vedere alcune interessanti costruzioni sebbene piuttosto rimaneggiate.
La vicinanza alla città picena, in una posizione favorevole per i collegamenti, ha permesso che il caratteristico borgo di Arli rimanesse abitato e piuttosto mantenuto rispetto ad altre realtà insediative che sono state abbandonate in epoca contemporanea.