La sua costruzione fu decretata in una bolla del 1338 dei canonici romani di San Pietro. Nel XVI secolo viene acquisita dai francescani conventuali che la muniscono di affreschi e della campana, opera del maestro Bartolomeo Campiani. Sempre nello stesso periodo, a seguito della peste, viene aggiunta la cappella laterale di San Rocco. Alla chiesa che erano annessi, oltre al già menzionato ospitale, anche il convento munito del classico chiostro, e altri siti sul retro.
Con la soppressione Innocenziana e la chiusura piccoli conventi, nel 1686 la comunità francescana viene chiusa ed i loro beni vengono incamerati dai farfensi. Con l'arrivo di Napoleone in Italia la chiesa, non avendo il titolo di parrocchia, diventerà proprietà demaniale, e con la restaurazione saranno venduti l'ospitale e il convento annessi e si darà il via a diverse opere di restauro. I lavori che interesseranno la struttura vedranno con la chiusura delle porte laterali e l'apertura dell'entrata attuale, la realizzazione di un nuovo pavimento e nuovi altari, lavori ai quali parteciperanno economicamente anche le confraternite che vi avevano sede.
Nel 1829 viene annessa, con bolla di Pio VIII, alla parrocchiale di San Giovanni ed in seguito il convento lascerà spazio al nuovo palazzo comunale. All'interno era custodita una tavola di Cola dell'Amatrice, la "Madonna in trono tra i santi Rocco e Sebastiano, Maria Maddalena e Giovanni Battista.
Sono interessanti gli altari ed i resti di affreschi, il dipinto della Maddalena, di scuola fiorentina del 1700, ed un dipinto di San Giacomo della Marca.