Nacque nel 1427 a Patrignone, antico castello ascolano che sorgeva presso Montalto, dove la sua famiglia si era trasferita per sfuggire dalle lotte fratricide che sconvolgevano la città di Ascoli in quei decenni.
Studiando nella città picena ebbe tra i suoi maestri Enoc d'Ascoli, di cui divenne discepolo.
Antonio grazie ai suoi studi accrebbe la sua fama e fu chiamato, per le sue competenze, dalle ricche famiglie di numerose città d'Italia, tra cui Roma, Firenze, Padova e Ferrara.
Tornò nelle marche nel 1478, precisamente a Recanati, dove gli fu concessa la cittadinanza e dove divenne rettore e maestro di eloquenza greca e latina nella locale Accademia.
Nel 1476 conobbe Beatrice d'Aragona, moglie di Mattia Corvino re ungherese, protettrice di letterati ed artisti, che lo invitò a trasferirsi a Budapest.
Accolto nel 1486, si presentò alla corte dove soggiornava alcune opere in latino (riguardanti di storia e di retorica) ed alcune traduzioni di classici greci.
Accolto a corte nel 1487, il Re lo nominò lettore per la regina Beatrice, e per altri importanti incarichi.
Dopo svariate opere tradotte passò alla redazione della storia degli Ungari, assumendo la carica di storiografo ufficiale della corte ungherese.
Per mancanza di materiale letterario il Bonfini fece ritorno in Italia, insegnando ancora a Recanati nel 1488, alternando, comunque viaggi frequenti e ritorni in patria.
Il suo più grande lavoro gli fu commissionato dalla casa reale d'Ungheria: "Rerum Ungaricarum Decades".
Il Bonfini realizzò un opera fondamentale e di vasto respiro nello stile e nell'uso delle fonti, che costituisce un quadro di evidente valore elogiativo volto a proiettare l'Ungheria, e la casa regnante del Corvino, su un esaltante scenario ideale, fortemente illuminato dalle glorie della tradizione antica.
Antonio nel 1496 fu colpito da una malattia che lo costrinse a rallentare la sua ricerca storica.
Già durante la sua vita Antonio ebbe i più alti riconoscimenti e la sua cospicua storiografia venne studiata e presa come esempio tanto da arrivare fino al XVII secolo come base storica per la vita della nazione ungherese.
Riuscì a scrivere fino al 1496. Si spense nel 1502 e fu sepolto a Budapest nella chiesa di S. Margherita, e nel 1927 fu eretta una statua in suo onore a nel castello cittadino.