La maggiore delle chiese faleronesi, dedicata al santo patrono della città.
Tradizione racconta che le prime presenze francescane nell'area, siano state favorite da Pellegrino da Falerone oppure dal Beato Giacomo. Il primo viene convertito da San Francesco in persona, era figlio della potente dinastia dei "da Falerone", signori del castello e di molti territori della zona, che dona un primitivo convento all'ordine. Più probabilmente l'arrivo dei francescani si deve all'azione di Beato Giacomo, in quanto Pellegrino dopo la sua conversione a Bologna, non tornò più nei suoi luoghi natali e si pensa, che la comunità avesse già preso sede nella campagna faleronese. Verso la metà del XII secolo, i frati si erano spostati nell'antica chiesa di San Fortunato, che probabilmente si ergeva nei pressi dell'attuale cimitero. Questa era tra le più antiche del paese risulta, insieme a San Paolino, priorato dei monaci di San Pietro in Valle, abbazia umbra nei pressi di Ferentino in provincia di Terni. Si fa risalire l'erezione della primitiva San Fortunato durante l'insediamento nel territorio dei monaci, avvenuta a partire dal 770 e prolungata fino al 1180 circa. Nel 1287 i francescani ottengono il permesso di trasferirsi dentro la cinta muraria faleronese, iniziano a costruire un nuovo convento nei pressi della chiesa di Santa Maria, già esistente, dove si appoggiavano per le celebrazioni. Durante una spartizione dei beni di Giberto e Rainaldo di Falerone datata 1282, viene scelto come mediatore un frate francescano. Santa Maria comunque continuerà a pagare le tasse ecclesiastiche fino al 1292, quindi i frati non ne avevano ancora acquisito il pieno possesso, molto probabilmente dopo questa data ampliano la piccola chiesa che viene riconsacrata a San Fortunato nel 1352. Il campanile viene costruito nel 1440 e dieci anni più tardi viene commissionata, probabilmente a Fra Marino Angeli da Santa Vittoria, la tavola di "San Francesco che riceve le stimmate", ora conservata nella pinacoteca comunale. Nel 1526 la chiesa ancora officiata dai minori conventuali francescani, viene sottoposta ai canonici della basilica di San Giovanni in Laterano di Roma e nel 1572, viene anche dotata di un prezioso organo di Camillo Sabino. Uno spaccato del convento arriva dalle visite del frate provinciale della Marca, tale Orazio Civalli, che opera per il triennio a partire dal 1594. Nei suoi scritti si sostiene che il convento era stato eretto dal comune, sebbene le devastazioni del 1520 avessero disperso i documenti che comprovavano la notizia. Piuttosto importante è il mantenimento dei due "Capitoli Generali" dell'ordine nel 1590 e nel 1598. Sempre nel 1590 risulta la presenza di una scuola o "Studium" con una ricca biblioteca, almeno fino al 1713, dal 1765 al 1810 invece, è segnalata una scuola di filosofia. Piuttosto florido sarà il XVII secolo, numerosa è la presenza dei monaci, che fornirono anche alcune figure di spicco degli alti ranghi francescani. Nel settecento si avviano diverse opere per quanto riguarda la chiesa, viene ingrandita e si rifanno le volte interne, inoltre si ravvivano le decorazioni adeguandole allo stile barocco. Un'altra lapide ricorda le trasformazioni che si concludono nel 1751, dal 1783 e per i due anni successivi, si procede anche al restauro del convento. Nel 1810 era avvenuta la soppressione napoleonica degli istituti religiosi ed il trasferimento dei frati in altra sede, in parte del convento viene istituito un ospedale, la chiesa invece, è ceduta alla Compagnia del Santissimo Sacramento. Scacciato Napoleone, parte del convento torna in mano ai frati, ma saranno in numero assai ridotto e non sarà ricostituita la scuola, che tanto lustro aveva dato alla struttura.
Nel 1861 il complesso viene definitivamente soppresso, poco dopo acquistato alla Cassa Ecclesiastica del regno, dal comune e dalla parrocchia di Falerone, con l'obbligo di tenere messa nella chiesa. Da qui seguirono vari cambi di utilizzo del convento: fu sede comunale, della banca, delle poste ed anche caserma dei carabinieri. Una parte invece viene utilizzata dal 1876 fino ad oggi, come sede scolastica. La chiesa viene restaurata tra il 1966 ed il 1970, per l'occasione viene ricostruito il tetto, altri restauri avverranno fino al 2003, quando sarà eletta nuova sede del museo archeologico di Falerio Picenus. Il complesso è stato danneggiato nel terremoto del 2016, parte della volta crollerà sopra l'organo appena restaurato, distruggendolo.
La struttura della chiesa è piuttosto ampia ed occupa un lato di piazza della Libertà, fronteggiando la chiesetta di San Sebastiano con il loggiato quattrocentesco. Il suo slanciato campanile, che monta l'orologio pubblico, è già visibile dal corso del paese ed è uno dei simboli della comunità. L'edificio ha subito diversi interventi durante i secoli, riconoscibili anche sulla facciata, dove nota la precedente struttura medievale, più bassa e con una diversa disposizione dell'ingresso. Ne rimane una traccia anche sul muro della navata, insieme ad una cornice di archetti pensili che probabilmente lo sormontavano, in seguito le ristrutturazioni seicentesche porteranno all'innalzamento della navata. Viene realizzato un nuovo portale in pietra raggiungibile attraverso una scalinata, insolito è l'architrave in stile barocco, sopra la cornice in alto si nota lo stemma di San Giovanni in Laterano. Sempre nello spessore delle mura, si possono individuare i resti di due finestre ad arco murate, di cui una mostra ancora tracce della cornice lavorata. L'ultimo portale è il più piccolo e si trova ai piedi della torre campanaria, abbellito da un architrave con i resti di formelle in cotto lavorate, un'arcata superiore più ampia reca fregi con motivi vegetali, mentre nella parte interna mostra forme a diamante. L'arco inferiore più piccolo e a sesto ribassato, mostra una cornice con forme geometriche e foglie, al centro si trovano altre figure ornamentali. L'elegante torre si slancia verso l'alto, oltre all'orologio pubblico vi è anche murata una lapide in ricordo delle vittime delle guerre mondiali. Quattro lesene corrono lungo gli angoli dell'opera ed una cornice marcapiano separa la cella campanaria dal resto, terminando in alto con una cuspide appuntita. L'interno della chiesa si presenta con una serie di grandi arcate ai lati, dove sono contenuti gli altari minori, gli si affiancano delle lesene all'estremità. Vi sono anche diverse nicchie aperte nelle pareti con statue di santi, decorazioni in stucco bianco impreziosiscono la parte alta del luogo sacro, coperta da un soffitto voltato. Il presbiterio con l'altare centrale è rialzato, sul retro c'è l'abside circolare con il coro ligneo ed un quadro incorniciato posto in alto; sul fondo si trova la cantoria rialzata con l'organo.
Il convento rispecchia ancora la struttura tipica degli edifici monastici, vi si accede passando sotto il campanile e l'abside della chiesa, l'ingresso introduce al chiostro in posizione centrale. Al di sopra del portale, si trova lo stemma del cardinale Peretti, il futuro Sisto V, papa francescano originario del piceno. Intorno, vi sorgono i vari edifici che lo compongono, un tempo erano costituiti dalle abitazioni dei frati, gli ambienti della vita comune, le varie officine ed i magazzini. Inoltre, ospitavano un ambiente per la ricca biblioteca e adiacenti, si trovavano anche gli orti, ad oggi rimane ancora la cisterna al centro del chiostro. Il lato settentrionale del complesso, si trovava in corrispondenza della cinta muraria, dove si possono osservare i contrafforti della chiesa e le finestre del convento protette da inferriate.