La chiesa intitolata a San Francesco, edificata a partire dal 1245, era ubicata fuori dalle mura del castello; sorse accanto al luogo sacro anche il convento dei Frati Minori, come attesta una bolla papale di Alessandro IV, che diede l'indulgenza alla dedicazione della chiesa, portata a termine nel 1259. Il complesso architettonico subì negli anni seguenti continue razzie e violenze, tanto che la comunità di Montegranaro decise, nel 1270, di allargare le mura cittadine e di inglobare la chiesa ed il convento in un contesto più protetto e sicuro. Nel 1431 papa Eugenio IV concesse ai conventuali Francescani la licenza di poter costruire un luogo da adibire a loro dimora e di poter edificare una nuova chiesa, sempre all'interno delle mura di Montegranaro: in sintesi l'antico luogo sacro venne demolito. I lavori iniziarono nel 1433, ma nel 1586 vi furono crolli che portarono alla chiusura dell'edificio; grazie all'interessamento di Sisto V, il cui stemma campeggia sull'antico portale strombato con archivolto a tutto sesto, datato XIV secolo, la chiesa subì notevoli modifiche per circa quindici anni e fu finalmente riaperta al pubblico solo nel 1603, mantenendo dell'antico progetto solo le dimensioni. Nei secoli successivi furono apportati lavori di restauro e di consolidamento strutturale.
Il complesso architettonico si fregia di un possente campanile contrassegnato da una meridiana; molto suggestivo è il portale dell'ingresso principale con l'inserimento ai lati di pietre di spoglio dalla suggestiva decorazione a tralicci con disegno ripreso nell'arco sopra al portale di travertino. Il convento, ricostruito nel XVII secolo, oggi è sede degli uffici del comune e di una biblioteca, noto con la denominazione di Palazzo Francescani.