Fu edificata in stile neoclassico dei primi decenni dell'Ottocento sui resti dell'antica chiesa dedicata ai Santi Gervasio e Protasio, su progettazione dell'architetto di Massignano G. Interlenghi.
Secondo una tradizione tramandata da secoli, una delle campane di Santa Maria della Misericordia suonò per mano angelica la notte del 10 dicembre del 1294, durante il passaggio della Casa di Nazareth (poi giunta a Loreto).