Una delle chiese francescane più antiche delle Marche: i lavori per l'edificazione di questo complesso incominciarono nel 1246 e terminarono nel 1303 (reca la data scolpita il portale che si trova nell'attuale sacrestia). Come riporta una bolla papale di Innocenzo IV, la chiesa fu edificata con le elemosine raccolte dagli stessi frati. Lo stile romanico-gotico è riconoscibile osservando la serie di archetti che adornano la sommità delle pareti laterali esterne e il primitivo abside che oggi costituisce l'entrata dell'edificio. Fu ampiamente trasformata sul finire del '600 e l'interno assunse l'aspetto di un tempio barocco. La chiesa di San Francesco è stata per secoli il centro della vita religiosa del paese; basti pensare che Carlo Crivelli dipinse il suo capolavoro proprio per questo luogo sacro, in cui è rimasto fino alla seconda metà del secolo scorso. La chiesa è abbellita dall'interessante ciclo di affreschi attribuito al Maestro di Offida (sec. XIV) ed arricchita dal monumento funebre in memoria dei genitori del cardinale Partino, mirabile realizzazione scultorea di scuola napoletana datata 1310. Sotto l'attuale pavimento sono ancora custodite due file di tombe delle più antiche famiglie montefiorane. Sul lato destro è collocato il sarcofago del pittore e xilografo Adolfo De Carolis (1874- 1928). Nel 2006 sono stati ultimati i lavori di restauro del chiostro (sec. XIV- XVI).