Si vuole far derivare il toponimo da "Fuit lignum", a testimonianza del fatto che fosse storicamente un'oasi ricca di boschi, o anche dall'esistenza di un podere appartenuto a un certo Fulcinius o Fulginius, che confermerebbe le sue origini romane.
È posto su una collina a sud di Ascoli Piceno, sotto il Colle San Marco, al confine con l'Abruzzo, un tempo Regno delle due Sicilie; allora infatti il luogo rappresentava un punto strategico ai fini della difesa della città di Ascoli e quindi teatro di cruente battaglie e continue incursioni. Permangono a indizio di ciò resti di antichi forti come la Rocca di Morro, conosciuta dall'epoca romana come "Castrum Murciae", bastione principale di avanguardia, difatti conquistato da romani, greci e nel 578 dal duca di Spoleto, Faroaldo, e Castel Folignano, munito castello al centro dell'abitato in età medievale, di cui si possono osservare tuttora dei ruderi. Nel 1344 Papa Bonifacio IX lo cederà al Capitano Tibaldeschi di Ascoli in cambio dei suoi servizi contro il Duca di Atri (una casa risalente al 1557 presenta lo stemma a sei palle della famiglia in questione). Perde progressivamente il primato, pur ospitando la residenza del podestà, in funzione dello sviluppo dell'attuale Folignano, "Villa Sancti Iennari", intorno al '700.